Bachelier en génie chimique, Mathieu Beaupré a poursuivi ses études à la maîtrise en génie civil sous la direction de Prof Peter A. Vanrolleghem et la supervision de Dr. Leiv Rieger. Ses recherches portait essentiellement sur le développement d'outils d'évaluation des critères de performance des capteurs en ligne. Son travail s'imbrique, en partie, dans un des groupes de travail du projet européen NEPTUNE (New sustainable concepts and processes for optimization and upgrading municipal wastewater and sludge treatment), duquel le groupe modelEAU est membre.

L'utilisation des capteurs en ligne est de plus en plus courante, que ce soit pour faire de la télésurveillance (monitoring) de milieu aquatique (lac, rivière, etc.) ou encore pour faire le contrôle de procédés (station de traitement des eaux usées (STEP), production et distribution d'eau potable, etc.). L'avantage des capteurs en ligne sur les techniques d'analyse d'échantillons en laboratoire est la fréquence de mesure, fréquence pouvant atteindre dans certains cas plusieurs mesures par minute. Par contre, dû aux conditions dans lesquelles se retrouvent les capteurs et le manque de suivi de ceux-ci, il est souvent impossible de déterminer la qualité des données fournies par ces derniers. C'est pourquoi, dans le cadre de ses travaux de recherche, Mathieu Beaupré a tenté d'établir un protocole de caractérisation des sondes visant à reproduire en laboratoire les conditions de terrain tel que l'effet des bulles (bassin d'aération des STEP), de la turbidité (boue activée), etc.